项目投产前，首先需要决定养殖品种：因为底息类的鱼池设计有区别，同时还需要对生物习性了解清楚：喜欢静水，还是喜欢顶水；适宜水温等等条件，不一而足。再了解了生物习性后，工厂化循环水养鱼成功与否取决于以下几个主要条件：溶氧量、水质、水温，如果是海鱼的话还有盐度。副条件还有：ph、硬度、盐度(淡水鱼)、光照等。买鱼苗后先进行观察筛选（15天以上），把那些状态不好的，比如明显有寄生虫、残疾等不适合的剔除了，省的以后麻烦。在观察期间还会死鱼，除了体质问题外，还有一个因素是水体各元素含量不同导致的。
结合工厂化循环水养殖系统的特点，研究开发出节能环保，占地面积少，土地使用效率高，能有效隔离病害和控制病源的侵入，降低鱼苗的携菌和发病率的封闭式工厂化养殖循环水处理系统：在台风自然灾害较多的南方，工厂化循环水养殖可有效抵御自然灾害对水产养殖业毁灭性的打击。在循环水养殖系统中，重要的就是水质的净化处理，这关乎到水产养殖的成败。目前，传统的循环水养殖系统由于大量电力化设备的使用，能耗特别高，加之部分设备耐腐蚀性差，成为现在做循环水养殖头疼的事情。
无论是传统的水产养殖模式，还是新型的工厂化水产养殖模式，一些基本的水质参数都是需要达标的。比如养殖水体的温度、溶氧量、氨氮含量、亚盐含量等。在实际应用中不同的鱼种对这些参数的要求和耐受力也是不同的。在高密度工厂化水产养殖条件下，时刻保证相应的水质参数达标是整个循环水处理系统配置的根本依据。工厂化水产养殖系统的基本组成及工艺流程 工厂化水产养殖系统的配置应与对应鱼种的适应环境相匹配。以全封闭的循环水养殖系统为例。