水体的盐度和硬度都能达到饱和进而析出，所以必须在系统内部放置植物。可以在水体内放置水葫芦、空心菜、浮萍等，也可以在硝化池种蔬菜比如西红柿树、地瓜树、西瓜、土豆，矮化的果树也是可以的。在水池内放置水葫芦则需要注意不能被鱼吃掉了。这样植物还会遮光，避免鱼被日光照射，同时还能收获大量蔬菜和鱼食。整个系统是需要日光的，一来是植物光合作用消耗肥水无机盐，再就是给水体加温，应尽可能的加大日光采集。
在分解细菌的作用下，再进一步转化成了氨。被鱼类吃掉的一部分经过鱼类的消化，也转变成氨。殊途同归的氨在分子态时是一种剧毒物质。在硝化细菌的作用下，它会被转化成亚盐。亚盐是一种不太稳定的物质。在高氧化还原电位的情况下，会被氧化成亚盐。此时如果有反硝化细菌，盐就会被转化成N2从水中溢出。这样，水体中的氮元素就完成了一个完整的转化分离过程。 在实践中，生物过滤的细菌需要适宜的条件才能起到相应的作用。如水体的温度、PH、溶氧量、合适的碳氧化、杀菌剂等。因此，不仅要求其他系统设备与生物过滤器配套，更对操作者有一定的技术要求。
循环水养殖系统原理：从第1个1400平米养殖车间的水源经过蛋白分离（泡沫分离器）、沉淀池沉淀后将水源流向下一个1400平米养殖车间继续使用，达到养殖水源两次利用，循环用水50%，大大节约了地下海水。技术流程：出水→微滤机过滤→臭氧消毒→蛋白质分离器→生物过滤→紫外杀菌→纯氧充氧→监测→进池。监测系统：监测pH、DO、T、氧化还原电位，带有报警系统。日换水量控制在总水量的10%—15%（即50—80 m3）之间。温控系统采用地下井水交换来控制。充的纯氧来自液氧罐。