结合工厂化循环水养殖系统的特点，研究开发出节能环保，占地面积少，土地使用效率高，能有效隔离病害和控制病源的侵入，降低鱼苗的携菌和发病率的封闭式工厂化养殖循环水处理系统：在台风自然灾害较多的南方，工厂化循环水养殖可有效抵御自然灾害对水产养殖业毁灭性的打击。在循环水养殖系统中，重要的就是水质的净化处理，这关乎到水产养殖的成败。目前，传统的循环水养殖系统由于大量电力化设备的使用，能耗特别高，加之部分设备耐腐蚀性差，成为现在做循环水养殖头疼的事情。
我国是世界上水产养殖规模大的国家，但由于传统养殖方式存在的规范化程度低、养殖模式简单、水资源浪费大、污染严重等问题，导致产能严重滞后。近年，由中国水产研究院联合相关科研和推广部门，对工厂化循环水养殖系统开展了全面研究。我国的南方地区海岸线长，网箱和土塘养殖发达，但存在各种鱼、虾苗种供应不足和孵化育苗存活率低、台风等自然灾害较多、工业污染水源等问题。
我国苗种繁育过程的全人工控制技术尚处于起步阶段，低营养条件下的生物膜培养技术、水质的智能化控制技术、不同特性鱼卵孵化设施技术、繁育过程智能化判别技术等需要突破，繁育生态环境人工控制技术需要优化和集成。有必要针对我国大宗养殖产品和一些名特优品种的苗种繁育要求，应用现代水环境控制技术和孵化繁育生境模拟技术，构建特定的设备系统，形成完善的养殖生产工艺，达到水环境有效控制、孵化过程有效调控、节能节水以及反季节工业化生产的目的。