但目前来看，工厂化循环水养殖技术和系统的推广还存在以下问题：是基础建设成本高，投入大。现在采用循环水养殖系统的企业大多数为具有一定规模，技术力量和实力较为雄厚的养殖企业，而对大部分小本经营的养殖户（单位）来说是可望而不可即，这也使循环水养殖系统和技术的大范围推广受到了制约。部分工厂化循环水养殖系统由于设计存在问题或其他一些人为原因，运行不充分或运行效率较低，影响了工厂化循环水养殖的总体水平，节水节能技术路线有待进一步探讨、完善。
生化模式净水主要是靠硝化细菌，硝化细菌从无到有这个过程俗称挂膜。硝化细菌挂膜需要滤材（细菌屋）；硝化细菌属于好氧细菌，因此需要氧气；硝化细菌繁殖还需要养分，也就是鱼粪。再满足上诉三个情况下，保持25度水温，硝化细菌从无到有需要将近35天，15度水温情况下需要50天或者更久，这个过程叫冷启动。想快速启动，可以使用液体硝化细菌，或者添加一些其他已经挂膜的滤材进来进行引菌，这个过程叫热启动。海水系统应为高盐度的问题，自然挂膜时间比淡水系统要长一倍以上，时间也随盐度升高而延长。
很多人会问自来水可以进行水产养殖吗，答案是否定的。让我们来先了解一下鱼的免疫系统，鱼身体的表皮层内长有一种杯状细胞，不断地在分泌着粘液，使鱼体减少游在水中的摩擦，同时，粘液又能保护鱼体不受寄生物、霉菌、细菌和其他微小生物的侵蚀，并使皮肤具有一种正常的渗透能力。为什么说自来水不适合水产养殖呢，因为自来水中主要含有"氯"的成份。自来水中的氯却是一种强氧化剂，在水中生成很不稳定的强氧化剂---次氯酸。