我国工厂养殖目前受水处理成本的压力，仍主要以流水养殖、半封闭循环水养殖为主，真正意义上的全封闭循环水养殖企业较少。流水养殖和半封闭养殖方式产量低（单位水体产量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，与先进国家技术密集型的循环水养殖系统相比，在系统的循环水率、系统辅助水体的比率等关键性能方面基本接近国际水平，在设备、工艺、产量（先进技术的产量达100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物净化系统的构建、净化效率和稳定性、系统集成度、系统稳定性等方面仍存在着一定的差距。
目前我国平均每立方米的产量为7.4 公斤（淡水为8.2公斤、海水为6.4公斤），全国范围循环水养殖发展力不足的特征仍较明显。目前工厂化养殖的方式大体上分为流水养殖、半封闭循环水养殖和全封闭循环水养殖等三种形式。受水处理成本的压力，仍主要以流水养殖、半封闭循环水养殖为主，真正意义上的全工厂化循环水养殖工厂比例极少。我国工厂化循环水养殖发展中存在的问题，主要还是受限于经济实力、产品市场、养殖品种、养殖规模、经济效益比等因素，主观上还受限于养殖者对养殖技术的掌握和对先进技术的利用。
工厂化循环水养殖系统不仅节能节水效果较好，而且还对防止养殖病害发生、实现养殖过程零用药、提高产品质量和经济效益发挥重要的作用。