工厂化循环水从水处理的侧重点不同分为机械模式和生化模式，主要区别就是看能耗大小，本文所讲的是生化模式。这个模式能否成功，与虹吸能否顺利运行有直接关系，虹吸设备需要时常维护否则会莫名其妙的失效。有人说：我都准备投入了30万，你告我天天还得维护，这是搞毛线啊？虹吸失败的话，整个系统视养殖密度在两天到四天以内崩溃----鱼虾死光光。工厂化循环水系统的重点是净水系统，占比50%；生物习性占30%；其他的溶氧恒温等条件的占比20%。
溶氧量充足可以改善鱼类栖息的生活环境，降低氨氮、亚硝(xiao)酸态氮、硫化氢等有毒物质的浓度。鱼虾生活在溶氧不足的水中，体质将下降，对疾病抵抗力降低，发病率升高，在低氧环境下寄生虫病也易于蔓延。由于国内现阶段池塘养殖方式较为广泛，工厂化养殖厂规模大多较小，所以主要使用机械式增氧机。工厂化养殖规模大，养殖密度高，对增氧系统要求高，普遍采用纯氧、富氧增氧。虽然机械式增氧机目前基本上能满足国内要求，但是考虑到大规模正规的工厂化养鱼厂及发展趋势，纯氧、富氧增氧技术在国内的运用是必然。
构建的工厂化循环水养鱼系统，主要通过优化集成一批节本、节能型养殖设施及水处理技术，包括单元式养殖池、生物移动床、截留沉淀、气提泵等，在保证系统水处理效果及生产能力的同时，有效降低了系统运行能耗。以同等养殖密度为40kg-50kg/m3，每日换水量为5%-10%/天计算，系统整体运行能耗相对于常规典型的循环水养殖系统可降低30%左右，比较符合我国可持续发展与健康养殖要求的，是一种具有良好推广应用前景的工厂化循环水养殖模式。