高密的养殖下，一旦系统崩溃、疾病爆发或循环水养殖系统运行的稳定性和系统总水量的平衡、生物滤池的维护、过滤设施的定期清理、合理的投喂策略、适宜的养殖密度以及水质的检测和疾病的预防都是分不开的。因此，循环水系统的科学有效运行是多学科知识的综合体现。研究调查发现，很多企业对循环水养殖的原理、水处理设施设备的作用、运行参数等知之甚少，直接影响到系统的运行管理。较高的进入门槛也进一步加大了循环水养殖模式的推广难度。
目前我国平均每立方米的产量为7.4 公斤（淡水为8.2公斤、海水为6.4公斤），全国范围循环水养殖发展力不足的特征仍较明显。目前工厂化养殖的方式大体上分为流水养殖、半封闭循环水养殖和全封闭循环水养殖等三种形式。受水处理成本的压力，仍主要以流水养殖、半封闭循环水养殖为主，真正意义上的全工厂化循环水养殖工厂比例极少。我国工厂化循环水养殖发展中存在的问题，主要还是受限于经济实力、产品市场、养殖品种、养殖规模、经济效益比等因素，主观上还受限于养殖者对养殖技术的掌握和对先进技术的利用。
对于“白便”疾病很多专家也都对其进行研究，据研究报道指出：白便的诊断特点是虾肝胰腺中内侧脱落许多小管上皮细胞，目前把他作为来源于虾胃的致病菌的一个未知结果毒素。发现对虾产生的的白色粪便和肝胰腺中有大量蠕虫状体（ATM），是肝胰腺微绒毛脱落，原始细胞裂解，形成蠕虫状体，像簇虫而并非簇虫。白便通过肉眼不难看出，并非消化不好的粪便，而发病虾很多表现为空肠空胃，不难判断这个白色物质主要是肝胰脏所产生的分泌物。