生化过滤依靠的是硝化细菌，硝化细菌的数量直接影响净水效能。硝化细菌的数量和滤材的表面积有关：表面积越大就能附着越多的硝化细菌。有资料显示，火山石的比表面积是300平方米/立方，K1是500平方米/立方。还有一种micro k1的东西，国内电商平台上面没有见过，比表面积是950平方米/立方。常见的过滤还有沼泽过滤，这个属于是被动过滤，滤材上的硝化细菌因为得不到足够的氧气，硝化反应比较慢，大多数商超暂养用的就是这种过滤，优点是建造完成后基本无需维护。
养殖水质量好的会减少细菌的滋生，从而减少疾病的发生，养殖水质量差的容易滋生细菌和寄生虫，从而导致疾病爆发。维持水体环境平衡何其艰难，天气的突变、人为操作不当、机器故障等因素都会破坏水体的环境，导致养殖水质量变差，从而引发一系列问题。广州环控农业生物科技有限公司就如何维持水体环境、提高养殖水质量方面花了大量的时间去研发，为了能够更有效、更科学、更环保去进行水产养殖。目前已取得不错成效，很多客户采用了广州环控研发的循环水养殖设备、循环水养殖系统、生物絮团养殖系统、集装箱养鱼设备后，养殖产品不仅质量提高了，产量也提高了，养殖周期缩短了。
循环水系统处理的对象一般是含有大量固体悬浮物或溶解性的物质，这些物质排入到养殖水中后会在细菌的作用下，分解成氨、硫化氢等对水生动物有毒的物质。因此，一时间将这些污染物截留并尽可能地将这些污染物变废为宝，是循环水处理系统的功能所在。循环水处理系统首先包括机械过滤部分。这些设备会将水中的固体悬浮物在一时间过滤出来。经常用到的设备是蛋白质分离器、微滤机、精密过滤器等设备。其次，循环水处理系统还有生化过滤设备。这些设备是为了培养相应的微生物来对水中溶解性物质进行分解分离的。