工厂化循环水养殖系统的典型工艺和装备是以物理过滤结合生物过滤为主体，对养殖水体进行深度净化，并集成了水质自动监控系统，实时监测并调控养殖水体质量并可追溯。该系统具有工艺技术完善、水处理效果好、水质状况稳定、生产操作舒适、设备维护简便、运行成本低、系统投资省等优点。这是一套简洁有效的工艺技术路线：鱼池出水自流进入微滤机池，去除残饵和鱼粪等颗粒直径大于60微米的固体悬浮物质，经水泵提升进入生物滤器，一方面截流微小的颗粒悬浮物，另一方面对水体中的氨氮进行降解，净化后的水自流回鱼池。
石斑鱼属于暖水性鱼类，此时正值冷空气南下，气候多变，气温低，雨水多，昼夜温差大，对池塘养殖影响严重，常常出现石斑鱼趴边、慢料、甚至死亡等问题，给养殖效益带来极大的影响。导致出现这种现象的原因有以下3点：1、气温降低、天气多变、水环境不稳定，造成石斑鱼应激大，出现慢料、趴底现象，有的体质弱的鱼甚至出现死亡。2、养殖中后期，饲料投喂量大，有机质积累日益增多，池塘污染严重，底质、水质恶化迅速，常出现水浓、虫害等问题，白天易发生气泡病，晚上易出现缺氧现象，甚至出现死亡。3、天气低温、昼夜温差大，池塘水质不稳定，影响石斑鱼正常摄食，出现慢料、不摄食等问题，即使摄食后也不易消化，加重肝脏、肠胃等内脏器官负担，体质减弱，抵抗力下降，出现肠炎、花肝等问题，病鱼身体消瘦，趴边、游塘，严重者出现大量死亡。
在目前的发展水平下，循环水养殖模式较高的准入门槛使得循环水养殖与普通低附加值鱼类无缘，而名贵海水鱼类可养殖品种有限，限制了循环水养殖模式的发展。近些年来，经过专家学者和众多的养殖企业的不断探索，国内循环水养殖品种的丰富度大大提高，如：斑石鲷、墨瑞鳕鱼、黄条鰤等。循环水养殖系统既是一个复杂的系统工程，又是一个矛盾的综合体，因此，不可能存在一种十全十美、适用于所有养殖品种的循环水养殖系统，只要不出现明显的设计漏洞，系统运行过程中遇到的很多问题，可以通过系统管理技术和养殖技术来解决。