项目投产前，首先需要决定养殖品种：因为底息类的鱼池设计有区别，同时还需要对生物习性了解清楚：喜欢静水，还是喜欢顶水；适宜水温等等条件，不一而足。再了解了生物习性后，工厂化循环水养鱼成功与否取决于以下几个主要条件：溶氧量、水质、水温，如果是海鱼的话还有盐度。副条件还有：ph、硬度、盐度(淡水鱼)、光照等。买鱼苗后先进行观察筛选（15天以上），把那些状态不好的，比如明显有寄生虫、残疾等不适合的剔除了，省的以后麻烦。在观察期间还会死鱼，除了体质问题外，还有一个因素是水体各元素含量不同导致的。
在藻类生长所需的大量元素中，磷、氮通常是水体浮游植物增长的限制性因子，总氮大于1.2毫克/升、总磷大于0.11毫克/升时水体开始富营养化，在淡水中当总磷小于0.1毫克/升时藻类生长发展为磷限制。而过高的磷输入如总磷为1.65毫克/升，并不能促进藻类生长。要培养出养殖所需要的有益藻、抑制蓝藻、裸藻等有害藻，我们需要重点关注一些化学指标，总碱度、硬度、盐度、氮、磷、碳以及微量元素钙、铁、锰、锌等有可能成为限制性因子的指标。池塘中的有机质含量可通过检测水中有机耗氧量得知，水中有机质含量高，氮磷的含量也会高，在降氨氮同时可以降低水体有机质含量。
工厂化循环水从水处理的侧重点不同分为机械模式和生化模式，主要区别就是看能耗大小，本文所讲的是生化模式。这个模式能否成功，与虹吸能否顺利运行有直接关系，虹吸设备需要时常维护否则会莫名其妙的失效。有人说：我都准备投入了30万，你告我天天还得维护，这是搞毛线啊？虹吸失败的话，整个系统视养殖密度在两天到四天以内崩溃----鱼虾死光光。工厂化循环水系统的重点是净水系统，占比50%；生物习性占30%；其他的溶氧恒温等条件的占比20%。