在分解细菌的作用下，再进一步转化成了氨。被鱼类吃掉的一部分经过鱼类的消化，也转变成氨。殊途同归的氨在分子态时是一种剧毒物质。在硝化细菌的作用下，它会被转化成亚盐。亚盐是一种不太稳定的物质。在高氧化还原电位的情况下，会被氧化成亚盐。此时如果有反硝化细菌，盐就会被转化成N2从水中溢出。这样，水体中的氮元素就完成了一个完整的转化分离过程。 在实践中，生物过滤的细菌需要适宜的条件才能起到相应的作用。如水体的温度、PH、溶氧量、合适的碳氧化、杀菌剂等。因此，不仅要求其他系统设备与生物过滤器配套，更对操作者有一定的技术要求。
石斑鱼属于暖水性鱼类，此时正值冷空气南下，气候多变，气温低，雨水多，昼夜温差大，对池塘养殖影响严重，常常出现石斑鱼趴边、慢料、甚至死亡等问题，给养殖效益带来极大的影响。导致出现这种现象的原因有以下3点：1、气温降低、天气多变、水环境不稳定，造成石斑鱼应激大，出现慢料、趴底现象，有的体质弱的鱼甚至出现死亡。2、养殖中后期，饲料投喂量大，有机质积累日益增多，池塘污染严重，底质、水质恶化迅速，常出现水浓、虫害等问题，白天易发生气泡病，晚上易出现缺氧现象，甚至出现死亡。3、天气低温、昼夜温差大，池塘水质不稳定，影响石斑鱼正常摄食，出现慢料、不摄食等问题，即使摄食后也不易消化，加重肝脏、肠胃等内脏器官负担，体质减弱，抵抗力下降，出现肠炎、花肝等问题，病鱼身体消瘦，趴边、游塘，严重者出现大量死亡。
近些年来，随着水产养殖塘租、鱼种、药费、刮鱼人工等费用的增加，使得养殖成本的大大提高，很多水产养殖户为了降低成本，便开始加大放养密度。高密度养殖能够带来更高收益的同时也带来难以解决的危害，很多水产养殖户都不同程度上出现了养殖池亚*酸盐过高的现象。养殖池亚*酸盐过高会引发一系列问题，例如：造成鱼黑鳃、鳃肿、烂鳃，严重时大量死鱼；增氧不够或天气差时，鱼容易缺氧浮头；导致鱼吃料变差，且容易出现肠炎；刮鱼时容易出现“白身”、“烧尾”、“硬骨”等问题。而高密度养殖会增加处理亚*酸盐的难度，很多养殖户连泼2-3次降亚*酸盐药都不见效果。