结合工厂化循环水养殖系统的特点，研究开发出节能环保，占地面积少，土地使用效率高，能有效隔离病害和控制病源的侵入，降低鱼苗的携菌和发病率的封闭式工厂化养殖循环水处理系统：在台风自然灾害较多的南方，工厂化循环水养殖可有效抵御自然灾害对水产养殖业毁灭性的打击。在循环水养殖系统中，重要的就是水质的净化处理，这关乎到水产养殖的成败。目前，传统的循环水养殖系统由于大量电力化设备的使用，能耗特别高，加之部分设备耐腐蚀性差，成为现在做循环水养殖头疼的事情。
循环水养殖系统难点是解决氮循环的问题，要消除氨氮和亚硝(xiao)酸氮的影响。环控公司的解决方案是在循环水养殖系统中加入了反硝化反应池，但由于反硝化作用需要在严格厌氧条件下进行，因此硝化作用反应池需要跟反硝化作用反应池分开。目前循环水养殖设备已实现工厂化生产，做到了养殖池与养殖净化设备的无缝连接。通过一系列的物理过滤、化学沉淀以及通过微生物的作用去除氨氮、硝氮和亚硝氮再通过杀菌消毒、充氧等操作，水体重新流回到循环水养殖系统中，实现养殖水的循环利用。
目前普通的养殖技术都是基于自然或传统养殖模式条件下鱼类的生理活动研究成果，但是在工厂化高密度条件下，鱼类受到环境胁迫，生理状况会有显著变化，水生态环境更为单一，养殖技术应有相应的调整。我国目前在该领域的研究严重滞后于生产，无法提供成熟的养殖工艺，设施的效能不能得到发挥。部分配套技术的发展也不均衡，比如饲料品质普遍较差，营养转移效率低且不稳定，增加了设施系统的处理负荷，导致综合效益下降。因此，需要针对工厂化循环水养殖的系统条件，研究发展配套的养殖技术。