近些年来，随着水产养殖塘租、鱼种、药费、刮鱼人工等费用的增加，使得养殖成本的大大提高，很多水产养殖户为了降低成本，便开始加大放养密度。高密度养殖能够带来更高收益的同时也带来难以解决的危害，很多水产养殖户都不同程度上出现了养殖池亚*酸盐过高的现象。养殖池亚*酸盐过高会引发一系列问题，例如：造成鱼黑鳃、鳃肿、烂鳃，严重时大量死鱼；增氧不够或天气差时，鱼容易缺氧浮头；导致鱼吃料变差，且容易出现肠炎；刮鱼时容易出现“白身”、“烧尾”、“硬骨”等问题。而高密度养殖会增加处理亚*酸盐的难度，很多养殖户连泼2-3次降亚*酸盐药都不见效果。
我国苗种繁育过程的全人工控制技术尚处于起步阶段，低营养条件下的生物膜培养技术、水质的智能化控制技术、不同特性鱼卵孵化设施技术、繁育过程智能化判别技术等需要突破，繁育生态环境人工控制技术需要优化和集成。有必要针对我国大宗养殖产品和一些名特优品种的苗种繁育要求，应用现代水环境控制技术和孵化繁育生境模拟技术，构建特定的设备系统，形成完善的养殖生产工艺，达到水环境有效控制、孵化过程有效调控、节能节水以及反季节工业化生产的目的。
但目前来看，工厂化循环水养殖技术和系统的推广还存在以下问题：是基础建设成本高，投入大。现在采用循环水养殖系统的企业大多数为具有一定规模，技术力量和实力较为雄厚的养殖企业，而对大部分小本经营的养殖户（单位）来说是可望而不可即，这也使循环水养殖系统和技术的大范围推广受到了制约。部分工厂化循环水养殖系统由于设计存在问题或其他一些人为原因，运行不充分或运行效率较低，影响了工厂化循环水养殖的总体水平，节水节能技术路线有待进一步探讨、完善。