循环水养殖系统原理：从第1个1400平米养殖车间的水源经过蛋白分离（泡沫分离器）、沉淀池沉淀后将水源流向下一个1400平米养殖车间继续使用，达到养殖水源两次利用，循环用水50%，大大节约了地下海水。技术流程：出水→微滤机过滤→臭氧消毒→蛋白质分离器→生物过滤→紫外杀菌→纯氧充氧→监测→进池。监测系统：监测pH、DO、T、氧化还原电位，带有报警系统。日换水量控制在总水量的10%—15%（即50—80 m3）之间。温控系统采用地下井水交换来控制。充的纯氧来自液氧罐。
工厂化循环水养殖的实质是养殖生产的工业化，生产过程可控，可以跨季节养殖，产品像工业品一样可以有计划地均衡上市。其特点：一是用水量少，可利用较低质水源，对水资源要求较低；二是占地少，对土地资源的要求低；三是养殖密度高，单位耗水产量大；四是易于控制生长环境，鱼类(以及其他养殖种类)生长速度快，生长周期短；五是饲料利用率高；六是水循环使用，利用系数高；七是排放的废水废物少，能集中处理，对环境无压力或很小；八是不受外界气候的影响，可实现常年生产。
主要目的是存水，以期在枯水期能有足够的水源进行养殖而已。这种方式没有考虑水体的循环利用，而纯粹出于延长养殖周期。在此基础上，有部分养殖场为了提高生产效率和应对自然条件限制从而开始了半循环养殖方式。生物絮团是养殖水体中以好氧微生物为主体的有机体和无机物，经生物絮凝形成的团聚物，由细菌、浮游动植物、有机碎屑和一些无机物质相互絮凝组成。