但目前来看，工厂化循环水养殖技术和系统的推广还存在以下问题：是基础建设成本高，投入大。现在采用循环水养殖系统的企业大多数为具有一定规模，技术力量和实力较为雄厚的养殖企业，而对大部分小本经营的养殖户（单位）来说是可望而不可即，这也使循环水养殖系统和技术的大范围推广受到了制约。部分工厂化循环水养殖系统由于设计存在问题或其他一些人为原因，运行不充分或运行效率较低，影响了工厂化循环水养殖的总体水平，节水节能技术路线有待进一步探讨、完善。
白对虾养殖在水产养殖中是比较难养的一种水产品，近年来，在国内“养虾难，虾难养”，已经成为南美的白对虾养殖产业的痛楚。随着种质退化、养殖环境恶化等各种因素的干扰，白虾的养殖道路仿佛变得更加艰难，在小编看来，其实*主要的问题还是出在养殖设备和养殖模式方面。在国内，很多对虾养殖场都是采用外塘养殖模式，外塘养殖模式是很难保证水质环境的，恰巧对虾养殖对于水质的要求是相当高的，加上对虾养殖设备落后，导致更多的疾病滋生，从而增加了对虾养殖的难度。天气的转变也是增加外塘养殖对虾的难度，对虾对水温也是比较敏感的。
在目前的发展水平下，循环水养殖模式较高的准入门槛使得循环水养殖与普通低附加值鱼类无缘，而名贵海水鱼类可养殖品种有限，限制了循环水养殖模式的发展。近些年来，经过专家学者和众多的养殖企业的不断探索，国内循环水养殖品种的丰富度大大提高，如：斑石鲷、墨瑞鳕鱼、黄条鰤等。循环水养殖系统既是一个复杂的系统工程，又是一个矛盾的综合体，因此，不可能存在一种十全十美、适用于所有养殖品种的循环水养殖系统，只要不出现明显的设计漏洞，系统运行过程中遇到的很多问题，可以通过系统管理技术和养殖技术来解决。