工厂化循环水从水处理的侧重点不同分为机械模式和生化模式，主要区别就是看能耗大小，本文所讲的是生化模式。这个模式能否成功，与虹吸能否顺利运行有直接关系，虹吸设备需要时常维护否则会莫名其妙的失效。有人说：我都准备投入了30万，你告我天天还得维护，这是搞毛线啊？虹吸失败的话，整个系统视养殖密度在两天到四天以内崩溃----鱼虾死光光。工厂化循环水系统的重点是净水系统，占比50%；生物习性占30%；其他的溶氧恒温等条件的占比20%。
在水产养殖中，底改顾名思义应该就是改良池塘底部理化条件的意思，让池塘底部的理化条件能够在适合养殖对象的生存，而这些良好池塘底部理化条件又决定了池塘底部的微生态圈，从而又决定了池塘有相对高溶解氧、有氧的代谢氨氮和亚*酸盐等氮循化，起到维护水体生物稳定性的营养库作用。底改就是为了池塘底部保持合适的（不太多也不太少）有机物含量，以发挥池塘营养库作用提高池塘生产力同时耗氧量不会太高。也就是说：避免底泥太瘦水体藻生长不稳定，同时避免底泥太肥耗氧量太高而水质恶化。很多水产养殖户对于改底也没有太多的办法，主要是通过撒生石灰对底部消毒这种传统办法改底，这样是远远不够的。
生化模式净水主要是靠硝化细菌，硝化细菌从无到有这个过程俗称挂膜。硝化细菌挂膜需要滤材（细菌屋）；硝化细菌属于好氧细菌，因此需要氧气；硝化细菌繁殖还需要养分，也就是鱼粪。再满足上诉三个情况下，保持25度水温，硝化细菌从无到有需要将近35天，15度水温情况下需要50天或者更久，这个过程叫冷启动。想快速启动，可以使用液体硝化细菌，或者添加一些其他已经挂膜的滤材进来进行引菌，这个过程叫热启动。海水系统应为高盐度的问题，自然挂膜时间比淡水系统要长一倍以上，时间也随盐度升高而延长。