但目前来看，工厂化循环水养殖技术和系统的推广还存在以下问题：是基础建设成本高，投入大。现在采用循环水养殖系统的企业大多数为具有一定规模，技术力量和实力较为雄厚的养殖企业，而对大部分小本经营的养殖户（单位）来说是可望而不可即，这也使循环水养殖系统和技术的大范围推广受到了制约。部分工厂化循环水养殖系统由于设计存在问题或其他一些人为原因，运行不充分或运行效率较低，影响了工厂化循环水养殖的总体水平，节水节能技术路线有待进一步探讨、完善。
主要目的是存水，以期在枯水期能有足够的水源进行养殖而已。这种方式没有考虑水体的循环利用，而纯粹出于延长养殖周期。在此基础上，有部分养殖场为了提高生产效率和应对自然条件限制从而开始了半循环养殖方式。生物絮团是养殖水体中以好氧微生物为主体的有机体和无机物，经生物絮凝形成的团聚物，由细菌、浮游动植物、有机碎屑和一些无机物质相互絮凝组成。
如果将系统中的过滤砂缸换成全自动滚筒微滤机，系统将实现自动化。 如果客户当地气温适宜，系统可以没有冷暖机。 优点：1.可达到循环水养殖，养殖密度大，效益高； 2.病疫风险小； 3.水耗小，电耗小； 4.系统设备已集成，免安装。 5.设计合理，维护方便。该模式集现代工程、机电、生物、环保及饲料等多学科于一体，在相对封闭空间内，利用过滤、曝气、生物净化、杀菌消毒等物理、化学及生物手段,处理、去除养殖对象的代谢产物和饵料残渣，使水质净化并循环使用，少量补水(5%左右)，进行水产动物高密度强化培育。