但目前来看，工厂化循环水养殖技术和系统的推广还存在以下问题：是基础建设成本高，投入大。现在采用循环水养殖系统的企业大多数为具有一定规模，技术力量和实力较为雄厚的养殖企业，而对大部分小本经营的养殖户（单位）来说是可望而不可即，这也使循环水养殖系统和技术的大范围推广受到了制约。部分工厂化循环水养殖系统由于设计存在问题或其他一些人为原因，运行不充分或运行效率较低，影响了工厂化循环水养殖的总体水平，节水节能技术路线有待进一步探讨、完善。
20世纪80年代，国外的工厂化循环水养殖设施和技术开始进入中国，当时各地花巨资共引进了西德和丹麦约30余套循环水养殖设施，但由于高昂的投入和运行成本，上述设施很快便被束之高阁。1988年，中国水产科学研究院渔业机械仪器研究所在吸收消化国外技术的基础上，设计了国内第壹个生产性的工厂化循环水养殖车间。随着养殖业和物流的迅速发展，北方冬季的吃鱼问题得到很大改善。随着北方鱼价的大幅下跌，工厂化循环水养殖的经济性受到了严重的质疑，加上技术上的不成熟，工厂化循环水养殖的发展进入了低谷。
广州环控农业生物科技有限公司针对如何防止水产养殖疾病的滋生做出了长时间研究，经过几年时间的不断反复研究，发现病毒的滋生主要是因为养殖水体质量变差恶化造成的，很多的病毒在养殖水体质量差的环境中会显得异常活跃。同时广州环控经过几年时间的研究发现，水产养殖户们所做的防护措施根本是治标不治本的，可能短时间内有效，因为他们根本没有一整套完整的系统去维持水体环境质量。