20世纪90年代，在淡水养殖方面，随着经济的快速发展，全国各地兴建了很多水产养殖示范区，建立了一批淡水鱼类工厂化循环水养殖系统，但是其经济性矛盾依然突出。而工厂化循环水苗种繁殖生产系统具有水环境可控、苗种质量高等优点，适应了苗种生产的反季节性、水质条件要求高的特点，并且苗种的单位产值高，使之得到了一定程度的应用。以大菱鲆工厂化流水养殖为代表的海水工厂化养殖的大力推广，随之而来的是优质水资源大量耗用，尤其是地下水资源，造成地下水位下降、地陷等诸多问题。“九五”以来，国家有关科研计划大力支持海水工厂化循环水养殖的研究，并取得了重要的阶段性成果。
当今水产养殖行业，随着需求的不断增长，养殖成本不断上涨，高密度养殖已经成为必然趋势。养殖密度的提高能够给水产养殖户带来可观收益的同时，也给水产养殖带来诸多难题，如何改善养殖水体质量已经成为高密度养殖的一大难题。改底是改善养殖水体质量的重要措施，没有一个良好的底部就很难有一池好质量的水体，同样的，一池不良的水体可能也会影响到底部，所以如何改善水体质量就是如何改善水池底部。
这套系统叫做循环水养殖系统，也可以形象地理解为“工厂化养殖”，是目前先进的水产生态养殖技术。在总产不降的情况下，从原有的养殖水面辟出一块进行集约化，解决了水源问题，使养殖水质比较稳定，对周边环境也比较友好。可增产增效、节地节水，破解了常规养殖面临的诸多可持续发展问题。工厂化循环水养殖是一种现代工业化生产方式，基本上不受自然条件的限制，可以根据需要在任何地点建立海水或淡水的养殖生产系统，达到生产过程程序化、机械化的要求。