在分解细菌的作用下，再进一步转化成了氨。被鱼类吃掉的一部分经过鱼类的消化，也转变成氨。殊途同归的氨在分子态时是一种剧毒物质。在硝化细菌的作用下，它会被转化成亚盐。亚盐是一种不太稳定的物质。在高氧化还原电位的情况下，会被氧化成亚盐。此时如果有反硝化细菌，盐就会被转化成N2从水中溢出。这样，水体中的氮元素就完成了一个完整的转化分离过程。 在实践中，生物过滤的细菌需要适宜的条件才能起到相应的作用。如水体的温度、PH、溶氧量、合适的碳氧化、杀菌剂等。因此，不仅要求其他系统设备与生物过滤器配套，更对操作者有一定的技术要求。
水霉病对水产动物没有选择性，凡是受伤的都有被感染的可能，水霉菌是腐生性的，它不感染健康无伤的鱼。因为活细胞具有“抗霉s”，“抗霉s”很可能存在于黏液分泌细胞所分泌的黏液中，细胞一死，就停止分泌黏液，水霉菌孢子很快寄生上去。疾病早期基本没有症状，当肉眼能发现症状时候，菌丝已经在伤口侵入并向外长出外菌丝，似灰白色的绵毛状，俗称“生毛”或白毛病。霉菌可以分泌大量的蛋白酶，机体受刺激后能分泌大量的粘液。
20世纪90年代，在淡水养殖方面，随着经济的快速发展，全国各地兴建了很多水产养殖示范区，建立了一批淡水鱼类工厂化循环水养殖系统，但是其经济性矛盾依然突出。而工厂化循环水苗种繁殖生产系统具有水环境可控、苗种质量高等优点，适应了苗种生产的反季节性、水质条件要求高的特点，并且苗种的单位产值高，使之得到了一定程度的应用。以大菱鲆工厂化流水养殖为代表的海水工厂化养殖的大力推广，随之而来的是优质水资源大量耗用，尤其是地下水资源，造成地下水位下降、地陷等诸多问题。“九五”以来，国家有关科研计划大力支持海水工厂化循环水养殖的研究，并取得了重要的阶段性成果。