无论是传统的水产养殖模式，还是新型的工厂化水产养殖模式，一些基本的水质参数都是需要达标的。比如养殖水体的温度、溶氧量、氨氮含量、亚盐含量等。在实际应用中不同的鱼种对这些参数的要求和耐受力也是不同的。在高密度工厂化水产养殖条件下，时刻保证相应的水质参数达标是整个循环水处理系统配置的根本依据。工厂化水产养殖系统的基本组成及工艺流程 工厂化水产养殖系统的配置应与对应鱼种的适应环境相匹配。以全封闭的循环水养殖系统为例。
工厂化循环水养殖系统的典型工艺和装备是以物理过滤结合生物过滤为主体，对养殖水体进行深度净化，并集成了水质自动监控系统，实时监测并调控养殖水体质量并可追溯。该系统具有工艺技术完善、水处理效果好、水质状况稳定、生产操作舒适、设备维护简便、运行成本低、系统投资省等优点。这是一套简洁有效的工艺技术路线：鱼池出水自流进入微滤机池，去除残饵和鱼粪等颗粒直径大于60微米的固体悬浮物质，经水泵提升进入生物滤器，一方面截流微小的颗粒悬浮物，另一方面对水体中的氨氮进行降解，净化后的水自流回鱼池。
目前我国的循环水养殖系统技术的系统设施和养殖生产处于相脱节的状况，也就是说只有少数人真正掌握循环水养殖设施正常管理技术，大多数已建的循环水养殖设施很大一部分不能正常运转。究其原因，一是循环水养殖管理要求复杂，技术上有缺陷，不易实现平稳运行；二是一般养殖场的人员素质和结构不能满足循环水养殖的要求。因此，今后养殖设施的开发应更加注重从整体上整合养殖设施和养殖技术，做到“软硬件”真正的统一，并不断提高设施的信息化和智能化水平，降低管理维护难度。