在水产养殖中，底改顾名思义应该就是改良池塘底部理化条件的意思，让池塘底部的理化条件能够在适合养殖对象的生存，而这些良好池塘底部理化条件又决定了池塘底部的微生态圈，从而又决定了池塘有相对高溶解氧、有氧的代谢氨氮和亚*酸盐等氮循化，起到维护水体生物稳定性的营养库作用。底改就是为了池塘底部保持合适的（不太多也不太少）有机物含量，以发挥池塘营养库作用提高池塘生产力同时耗氧量不会太高。也就是说：避免底泥太瘦水体藻生长不稳定，同时避免底泥太肥耗氧量太高而水质恶化。很多水产养殖户对于改底也没有太多的办法，主要是通过撒生石灰对底部消毒这种传统办法改底，这样是远远不够的。
但目前来看，工厂化循环水养殖技术和系统的推广还存在以下问题：是基础建设成本高，投入大。现在采用循环水养殖系统的企业大多数为具有一定规模，技术力量和实力较为雄厚的养殖企业，而对大部分小本经营的养殖户（单位）来说是可望而不可即，这也使循环水养殖系统和技术的大范围推广受到了制约。部分工厂化循环水养殖系统由于设计存在问题或其他一些人为原因，运行不充分或运行效率较低，影响了工厂化循环水养殖的总体水平，节水节能技术路线有待进一步探讨、完善。
20世纪90年代，在淡水养殖方面，随着经济的快速发展，全国各地兴建了很多水产养殖示范区，建立了一批淡水鱼类工厂化循环水养殖系统，但是其经济性矛盾依然突出。而工厂化循环水苗种繁殖生产系统具有水环境可控、苗种质量高等优点，适应了苗种生产的反季节性、水质条件要求高的特点，并且苗种的单位产值高，使之得到了一定程度的应用。以大菱鲆工厂化流水养殖为代表的海水工厂化养殖的大力推广，随之而来的是优质水资源大量耗用，尤其是地下水资源，造成地下水位下降、地陷等诸多问题。“九五”以来，国家有关科研计划大力支持海水工厂化循环水养殖的研究，并取得了重要的阶段性成果。