工厂化循环水养殖系统的典型工艺和装备是以物理过滤结合生物过滤为主体，对养殖水体进行深度净化，并集成了水质自动监控系统，实时监测并调控养殖水体质量并可追溯。该系统具有工艺技术完善、水处理效果好、水质状况稳定、生产操作舒适、设备维护简便、运行成本低、系统投资省等优点。这是一套简洁有效的工艺技术路线：鱼池出水自流进入微滤机池，去除残饵和鱼粪等颗粒直径大于60微米的固体悬浮物质，经水泵提升进入生物滤器，一方面截流微小的颗粒悬浮物，另一方面对水体中的氨氮进行降解，净化后的水自流回鱼池。
生化模式净水主要是靠硝化细菌，硝化细菌从无到有这个过程俗称挂膜。硝化细菌挂膜需要滤材（细菌屋）；硝化细菌属于好氧细菌，因此需要氧气；硝化细菌繁殖还需要养分，也就是鱼粪。再满足上诉三个情况下，保持25度水温，硝化细菌从无到有需要将近35天，15度水温情况下需要50天或者更久，这个过程叫冷启动。想快速启动，可以使用液体硝化细菌，或者添加一些其他已经挂膜的滤材进来进行引菌，这个过程叫热启动。海水系统应为高盐度的问题，自然挂膜时间比淡水系统要长一倍以上，时间也随盐度升高而延长。
对虾如果感染桃拉病毒将会不摄食；游泳无力、反应迟钝；甲壳变软，虾体变红，尤其是尾扇变红，所以该病又称为红尾病。感染桃拉病毒有急性期和慢性期（恢复期）两种病程，急性感染常发生在幼虾期，会发生养殖虾群大量死亡，死亡率高达90%。残存的虾会转为慢性感染，成虾多为慢性感染，死亡率通常小于50%，其次，外壳有多处坏死区域。