结合工厂化循环水养殖系统的特点，研究开发出节能环保，占地面积少，土地使用效率高，能有效隔离病害和控制病源的侵入，降低鱼苗的携菌和发病率的封闭式工厂化养殖循环水处理系统：在台风自然灾害较多的南方，工厂化循环水养殖可有效抵御自然灾害对水产养殖业毁灭性的打击。在循环水养殖系统中，重要的就是水质的净化处理，这关乎到水产养殖的成败。目前，传统的循环水养殖系统由于大量电力化设备的使用，能耗特别高，加之部分设备耐腐蚀性差，成为现在做循环水养殖头疼的事情。
生化过滤依靠的是硝化细菌，硝化细菌的数量直接影响净水效能。硝化细菌的数量和滤材的表面积有关：表面积越大就能附着越多的硝化细菌。有资料显示，火山石的比表面积是300平方米/立方，K1是500平方米/立方。还有一种micro k1的东西，国内电商平台上面没有见过，比表面积是950平方米/立方。常见的过滤还有沼泽过滤，这个属于是被动过滤，滤材上的硝化细菌因为得不到足够的氧气，硝化反应比较慢，大多数商超暂养用的就是这种过滤，优点是建造完成后基本无需维护。
目前我国的循环水养殖系统技术的系统设施和养殖生产处于相脱节的状况，也就是说只有少数人真正掌握循环水养殖设施正常管理技术，大多数已建的循环水养殖设施很大一部分不能正常运转。究其原因，一是循环水养殖管理要求复杂，技术上有缺陷，不易实现平稳运行；二是一般养殖场的人员素质和结构不能满足循环水养殖的要求。因此，今后养殖设施的开发应更加注重从整体上整合养殖设施和养殖技术，做到“软硬件”真正的统一，并不断提高设施的信息化和智能化水平，降低管理维护难度。