在分解细菌的作用下，再进一步转化成了氨。被鱼类吃掉的一部分经过鱼类的消化，也转变成氨。殊途同归的氨在分子态时是一种剧毒物质。在硝化细菌的作用下，它会被转化成亚盐。亚盐是一种不太稳定的物质。在高氧化还原电位的情况下，会被氧化成亚盐。此时如果有反硝化细菌，盐就会被转化成N2从水中溢出。这样，水体中的氮元素就完成了一个完整的转化分离过程。 在实践中，生物过滤的细菌需要适宜的条件才能起到相应的作用。如水体的温度、PH、溶氧量、合适的碳氧化、杀菌剂等。因此，不仅要求其他系统设备与生物过滤器配套，更对操作者有一定的技术要求。
目前我国的循环水养殖系统技术的系统设施和养殖生产处于相脱节的状况，也就是说只有少数人真正掌握循环水养殖设施正常管理技术，大多数已建的循环水养殖设施很大一部分不能正常运转。究其原因，一是循环水养殖管理要求复杂，技术上有缺陷，不易实现平稳运行；二是一般养殖场的人员素质和结构不能满足循环水养殖的要求。因此，今后养殖设施的开发应更加注重从整体上整合养殖设施和养殖技术，做到“软硬件”真正的统一，并不断提高设施的信息化和智能化水平，降低管理维护难度。
在使用循环水养殖系统后，企业能耗费用明显降低，养殖池水经过处理后循环使用，降低了企业取水成本，水质明显提高，鱼虾发生病害几率迅速降低，每年可为企业节约费用达几十万元。工厂化循环水养殖模式具有节水、节地、生态环保、生产可控性强、高密度、低风险、水产品质量安全等优点，被认为是代表21世纪水产养殖业发展的主导方向之一。我国作为世界水产养殖大国，推广工厂化循环水养殖模式。推进水产养殖技术向高端、精准、节能、高产的方向发展。