但目前来看，工厂化循环水养殖技术和系统的推广还存在以下问题：是基础建设成本高，投入大。现在采用循环水养殖系统的企业大多数为具有一定规模，技术力量和实力较为雄厚的养殖企业，而对大部分小本经营的养殖户（单位）来说是可望而不可即，这也使循环水养殖系统和技术的大范围推广受到了制约。部分工厂化循环水养殖系统由于设计存在问题或其他一些人为原因，运行不充分或运行效率较低，影响了工厂化循环水养殖的总体水平，节水节能技术路线有待进一步探讨、完善。
工厂化循环水养殖系统不仅节能节水效果较好，而且还对防止养殖病害发生、实现养殖过程零用药、提高产品质量和经济效益发挥重要的作用。
虾苗选择的关键是选用健康、无特定疫病的虾苗，肉眼观测大小整齐，体长0.6厘米左右。虾苗应活泼健壮，无病弱苗和死苗，溯水能力强，体色透明，不发红，肝心区黑褐色。取虾苗试养1～2天，死亡率不应大于5%。有条件者可取50尾虾苗，送有关部门进行病毒检测，选用不带白斑综合症病毒病之虾苗。夏威夷购进的第1代SPF亲虾繁育虾苗更为适合。