循环水养殖系统难点是解决氮循环的问题，要消除氨氮和亚硝/酸氮的影响。传统的解决方案是在循环水养殖系统中加入了反硝化反应池，但由于反硝化作用需要在严格厌氧条件下进行，因此硝化作用反应池需要跟反硝化作用反应池分开，这就增加了循环水养殖系统的成本。前循环水养殖设备已实现工厂化生产，实现养殖池与养殖净化设备的无缝连接。通过一系列的物理过滤、化学沉淀以及通过微生物的作用去除氨氮、硝氮和亚硝氮再通过杀菌消毒、充氧等操作，水体重新流回到循环水养殖系统中，实现养殖水的循环利用。
我们应该用目标产量和预算来衡量需要做多大面积的工厂化循环水养殖系统，而不是简单的用面积来做对比。工厂化循环水养殖系统前期投入相对较高，如果简单套用原来池塘养殖的经验和面积，总投资额会是一个很庞大的数字，普通养殖户难以接受，也无形中放大了工厂化循环水养殖的高投入印象，不利于养殖户对工厂化养殖产生合理的理解。在从传统池塘养殖转换到工厂化循环水养殖的过程中，我们可以用一个简单的比例来进行换算，同样的产量，工厂化循环水养殖仅需池塘养殖面积的10%。有了这个比例，就能更科学的规划养殖面积和预算。
循环水养殖系统原理：从第1个1400平米养殖车间的水源经过蛋白分离（泡沫分离器）、沉淀池沉淀后将水源流向下一个1400平米养殖车间继续使用，达到养殖水源两次利用，循环用水50%，大大节约了地下海水。技术流程：出水→微滤机过滤→臭氧消毒→蛋白质分离器→生物过滤→紫外杀菌→纯氧充氧→监测→进池。监测系统：监测pH、DO、T、氧化还原电位，带有报警系统。日换水量控制在总水量的10%—15%（即50—80 m3）之间。温控系统采用地下井水交换来控制。充的纯氧来自液氧罐。