医院污水处理主要是消毒，即杀灭病原体。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒（见水的消毒、废水氧化处理法）。医院排出的放射性废水常用贮存衰减法处理。医院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24钠等是半衰期较短的同位素，因此可以将放射性污水贮存于地下专用衰变水池内，贮存时间为10倍于半衰期，把放射性浓度降到容许排放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。中国的《放射性防护规定》要求每一微居里放射性同位素达到容许排放浓度需稀释水量1.67米3。当放射性污水浓度很高，放射性的半衰期很长，不宜用贮存法和稀释法处理时，可用蒸发法、离子交换法或凝聚沉淀法进行分离浓缩处理（见放射性废水处理）。
含油废水如果不加以回收处理，会造成浪费；排入河流、湖泊或海湾，会污染水体,影响水生生物生存；用于农业灌溉，则会堵塞土壤空隙，妨碍农作物生长。含油废水的处理应首先考虑回收油类物质，并充分利用经过处理的水资源。因此，含油废水的处理可首先利用隔油池，回收浮油或重油。隔油池适用于分离废水中颗粒较大的油品，处理效率为60～80%，出水中含油量约为100～200毫克/升。废水中的细小油珠和乳化油则很难去除。
水是宝贵的资源，随着四化建设的高速发展，人民生活水平的提高，水的用量日益增加。不少地区水资源已日趋紧张，水荒已成为当今世界许多大城市带来普遍性的问题。开发中水处理技术，使城市用水做到按需论质、分质供水，使城市用水做到按需论质、分质供水，使水质的标准和水体的用途相适应。充分利用城市中水资源，可缓解城市供水紧张。中水回用处理工艺根据污水水质、水量以及回用的水质和水量要求，综合考虑经济技术参数，确定较好处理工艺。常用处理工艺以污水二级生化处理加三级深度处理单元为主。不同的水质要求，处理工艺亦不同。